補助金の対象経費の考え方がわからず、「どの経費が補助の対象になるのか判断できない」と悩んでいませんか。 この記事では、対象経費の基本的な判断基準から、経費区分ごとの具体例、対象外になるケース、さらに補助金ごとの比較までまとめて解説します。 対象経費の考え方を正しく理解すれば、申請書の精度が上がり、採択後の経費否認リスクも大幅に減らせます。
- 補助金の対象経費とは？基本的な考え方
- 主な補助金の経費区分と具体例
- 補助対象外になる経費とは？認められないケース一覧
- 補助金ごとの対象経費を比較｜ものづくり・新事業進出・省力化
- 対象経費と消費税の関係｜含む？含まない？
- 補助対象経費の申請で失敗しないためのポイント
- 補助金の対象経費でお悩みならイチドキリへ
- 補助金の対象経費の考え方についてよくある質問
- まとめ：補助金の対象経費は「必要性・専用性」の原則で判断しよう
- 着手金０円・顧問料0円
- 完全成功報酬
- エンジニア出身 × 補助金のプロ
補助金の対象経費とは？基本的な考え方
補助金の対象経費とは、補助事業を実施するために必要な経費のうち、公募要領で「補助の対象」として認められた経費を指します。 対象経費の考え方には主に以下の2つの原則があります。
- 必要性の原則
- 専用性の原則
それぞれ解説していきます。
補助対象経費の定義と2つの原則（必要性・専用性）
補助対象経費は「補助事業の遂行に必要不可欠であり、かつ補助事業専用として使われる経費」が大前提です。「必要性の原則」とは、補助事業を実施するうえで欠かせない経費だけが対象になるという考え方を意味します。
ものづくり補助金で新しい製品を開発するための生産ラインを構築する場合、そのラインに直結する機械装置費は対象になります。一方、事務所の日常的な消耗品費は補助事業との関連性が薄いため対象外です。
「専用性の原則」とは、補助事業だけに使用する経費でなければならないという考え方です。既存事業と補助事業の両方で使う設備は、按分（あんぶん＝使用割合に応じて費用を分ける方法）が必要になるケースもあります。
公募要領に記載された経費区分と条件を事前に確認しておくことが、採択への第一歩です。
※1 出典：中小企業庁｜ものづくり補助金 公募要領 https://portal.monodukuri-hojo.jp/
「補助事業に要する経費」と「補助対象経費」の違い
補助金の申請で混同しやすいのが「補助事業に要する経費」と「補助対象経費」の違いです。
「補助事業に要する経費」とは、補助事業を進めるうえで発生するすべての経費を指します。 一方、「補助対象経費」は、そのうち公募要領で補助の対象として認められた経費に限定されます。
具体的には、新しいシステム導入プロジェクト全体の経費が500万円だったとします。 公募要領の経費区分に該当しない費目（通信費や光熱費など）を除いた400万円が、補助対象経費となるイメージです。
この違いを理解しておかないと、交付申請時に想定よりも補助金額が少なくなるケースがあります。 申請前に公募要領の経費区分を1つずつ確認し、どこまでが補助対象に含まれるか整理しておきましょう。
主な補助金の経費区分と具体例
経費区分とは、補助金ごとに定められた補助対象経費の分類項目です。 公募要領に記載された経費区分に該当しない支出は補助対象として認められないため、補助される費用の範囲を正しく把握しておく必要があります。
主な経費区分は以下の通りです。
- 機械装置・システム構築費
- 建物費（建設・改修・撤去）
- 技術導入費・知的財産権関連経費
- 外注費・専門家経費
- クラウドサービス利用費・広告宣伝費
それぞれ解説していきます。
機械装置・システム構築費
機械装置・システム構築費は、多くの補助金で最も中心的な経費区分です。補助事業のために新たに購入・製作する機械装置や、専用システムの開発・構築にかかる費用が該当します。
ものづくり補助金の場合、革新的な新製品・新サービスの開発や提供に必要な機械装置・検査装置・専用の業務管理システムなどが対象です。2025年4月時点のものづくり補助金では、機械装置費の単価が50万円（税抜）以上の場合、相見積もり（2社以上からの見積書取得）が原則として求められます。
注意点として、既存の生産ラインの効率化・自動化を目的とした設備導入は補助対象外となります。また、汎用的に使えるパソコンやタブレットは「補助事業専用」と認められにくいため、対象外となるケースが多い点も押さえておきましょう。
建物費（建設・改修・撤去）
建物費は、補助事業のために必要な建物の建設・改修・撤去にかかる経費です。
経産省系の補助金では、建物費が対象となるのは主に「新事業進出補助金」です。新事業進出補助金では、新たな生産拠点の整備や既存工場の改修費用が対象になります。ただし、建物費には厳格な条件が設けられており、土地の購入費や不動産の取得費は対象外です。
なお、ものづくり補助金では建物費は補助対象外となりますので、設備投資と合わせて建物の改修も検討している場合は、どの補助金を選択するか慎重に判断する必要があります。
建物費を計上する場合は、補助事業との関連性を明確に説明する必要があります。「新製品の製造ラインを設置するために工場の一部を改修する」といった具体的な理由の提示が求められるでしょう。
申請代行の現場では、建物費は見積書の内訳が粗いために減額される事例が少なくありません。施工業者に「工事内訳明細書」を依頼し、どの工事が補助事業に該当するか1行ずつ対応付けておくと、実績報告がスムーズに進みます。
技術導入費・知的財産権関連経費
技術導入費とは、補助事業に必要な技術やノウハウを外部から導入する際に発生する経費です。 知的財産権関連経費には、特許権の取得や実施許諾（ライセンス契約）にかかる費用が含まれます。
新しい製造技術のライセンス料や、特許出願にかかる弁理士費用などが代表的な例です。 ただし、補助事業の成果に直結しない一般的な知的財産の取得費用は対象外となります。
技術導入費を申請する際は、導入する技術と補助事業の関連性を事業計画書で具体的に説明することが大切です。 認定支援機関に相談すれば、申請要件を満たす書き方についてアドバイスを受けられます。
外注費・専門家経費
外注費は、補助事業の一部を外部の事業者に委託する際の費用です。 専門家経費は、補助事業のためにコンサルタントや技術指導者などの専門家を活用する際に発生します。
システム開発の一部を外部ベンダーに委託する費用や、事業計画の策定支援を受ける際のコンサルティング費用が該当します。 ものづくり補助金の場合、外注費は補助対象経費総額の2分の1が上限と定められています（2025年4月時点）。
外注先の選定にも注意が必要で、関連会社や利害関係のある事業者への発注は認められないケースがあります。
クラウドサービス利用費・広告宣伝費
クラウドサービス利用費は、補助事業で導入するクラウドサービスの利用料金が対象です。 広告宣伝費は、補助事業で開発した製品やサービスの販路開拓にかかる費用を指します。
IT導入補助金では、業務効率化に寄与する機能を持つクラウドサービスの利用費が主要な対象経費の1つとなっており、最大2年分の利用料が補助対象です。 広告宣伝費については、展示会への出展費用やウェブ広告費などが含まれます。
ただし、補助事業の成果と無関係な一般的な企業広告や、補助事業期間外の利用料は対象外です。 実務上、クラウドサービス利用費は「年額払い」と「月額払い」で補助対象期間の計算方法が変わるため、契約形態を事前に事務局へ確認しておくと否認を防げます。
※2 出典：中小企業庁｜ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金 公募要領 https://portal.monodukuri-hojo.jp/
補助対象外になる経費とは？認められないケース一覧
補助対象外経費とは、公募要領の経費区分に該当しない、または必要性・専用性の原則を満たさず補助金の対象として認められない経費です。 「何が対象外になるか」を知ることは、対象経費の考え方を理解するうえで欠かせません。
主な対象外経費は以下の通りです。
- 汎用品（PC・タブレット・スマホ）
- 人件費・土地購入費・通信費などの代表的な対象外経費
それぞれ解説していきます。
汎用品（PC・タブレット・スマホ）が対象外になる理由
パソコン、タブレット、スマートフォンなどの汎用品は、多くの補助金で対象外です。 理由は、「専用性の原則」に反するためです。
汎用品は補助事業が終了した後も日常業務で使用できるため、補助事業専用の経費とは認められません。 ものづくり補助金や事業再構築補助金では、公募要領に「汎用性があり目的外使用になり得るもの」は対象外と明記されています。
ただし例外もあります。 補助事業専用のソフトウェアがインストールされた専用端末で、他の用途に使用しないことが明確な場合は、認められるケースもゼロではありません。 判断に迷った場合は、事務局や認定支援機関（経営革新等支援機関＝国が認定した中小企業支援の専門機関）に事前に確認しましょう。
人件費・土地購入費・通信費など対象外経費の代表例
補助金の種類によって対象外経費は異なりますが、以下は多くの補助金で共通して対象外となる経費です。
| 対象外経費 | 対象外となる理由 |
|---|---|
| 人件費（従業員給与） | 既存の人件費は補助事業との切り分けが困難 |
| 土地・不動産の取得費 | 資産形成に該当し、補助金の趣旨に合わない |
| 通信費・光熱費 | 日常的な経費であり専用性を証明しにくい |
| 車両購入費 | 汎用性が高く目的外使用のリスクがある |
| 飲食・接待費 | 補助事業との直接的な関連性がない |
ただし、人件費については補助金の種類によって扱いが異なります。 事業再構築補助金（2025年3月終了）では、研究員の人件費が一定条件下で認められるケースがありました。 自社が申請する補助金の公募要領を必ず確認してください（最新情報は各補助金の公募要領をご参照ください）。
※3 出典：中小企業庁｜各種補助金の公募要領 https://www.chusho.meti.go.jp/
補助金ごとの対象経費を比較｜ものづくり・新事業進出・省力化
「自社の経費がどの補助金の支援対象になるか」を検討するには、補助金ごとの対象経費を比較することが有効です。 ここでは主要3つの補助金を取り上げます。
- ものづくり補助金
- 新事業進出補助金
- 省力化投資補助金
それぞれ解説していきます。
ものづくり補助金の対象経費と補助率
ものづくり補助金は、中小企業の革新的な製品・サービス開発や生産プロセスの改善を支援する補助金です。
| 項目 | 内容（2025年4月時点） |
|---|---|
| 主な対象経費 | 機械装置費、システム構築費、技術導入費、外注費、専門家経費 等 |
| 補助上限額 | 750万円〜5,000万円（申請枠により異なる） |
| 補助率 | 中小企業1/2、小規模事業者2/3 |
機械装置・システム構築費が中心的な経費区分であり、設備導入を伴う事業計画との相性が高い補助金です。 建物費も対象ですが、単なる事務所の改装は認められず、補助事業に直結する改修である必要があります。
※最新の公募要領で対象経費・補助率を必ず確認してください。
新事業進出補助金の対象経費と補助率
新事業進出補助金（旧・事業再構築補助金の後継制度）は、新たな事業分野への進出を支援する補助金です。
| 項目 | 内容（2025年4月時点） |
|---|---|
| 主な対象経費 | 建物費、機械装置費、システム構築費、外注費、広告宣伝費 等 |
| 補助上限額 | 最大7,000万円（大幅賃上げ特例で最大9,000万円） |
| 補助率 | 1/2（地域別最低賃金引上げ特例で2/3） |
新事業進出補助金の特徴は、建物費の割合が大きくても申請できる点です。 新しい事業に必要な店舗や工場の改修・建設費用を含められるため、業態転換を検討する企業に適しています。
申請支援の経験上、新事業進出補助金では建物費の占める割合が高い計画ほど審査で「事業の新規性」を厳しく問われる傾向があります。 建物費が経費総額の50%を超える場合は、なぜその規模の投資が必要かを事業計画書に明記しておきましょう。
省力化投資補助金の対象経費と補助率（カタログ型）
省力化投資補助金は、人手不足に対応するための省力化に資する機械装置の導入を支援する補助金です。
| 項目 | 内容（2025年4月時点） |
|---|---|
| 主な対象経費 | カタログに登録された省力化製品の導入費用 |
| 補助上限額 | カタログ注文型：最大1,000万円／一般型：最大1億円（従業員規模により異なる） |
| 補助率 | 1/2 |
省力化投資補助金は、事務局が公開するカタログに掲載された製品のみが対象という特徴があります。 自由に設備を選べるものづくり補助金とは異なり、あらかじめ登録された製品の中から選定する仕組みです。
導入費用に加えて、設置費や導入サポート費が対象になるケースもあるため、カタログの詳細
を確認しましょう。
【比較表】補助金別・経費区分の対応一覧
| 経費区分 | ものづくり補助金 | 新事業進出補助金 | 省力化投資補助金 |
|---|---|---|---|
| 機械装置・システム構築費 | ○ | ○ | △（カタログ製品のみ） |
| 建物費 | ○ | ○ | × |
| 技術導入費 | ○ | ○ | × |
| 外注費 | ○ | ○ | × |
| 専門家経費 | ○ | ○ | × |
| クラウドサービス利用費 | ○ | ○ | × |
| 広告宣伝費 | × | ○ | × |
自社が導入したい設備や投資内容に合わせて、最も経費区分がマッチする補助金を選ぶことが採択への近道です。
※4 出典：中小企業庁｜各種補助金の公募要領 https://www.chusho.meti.go.jp/
対象経費と消費税の関係｜含む？含まない？
補助金の対象経費における消費税の扱いは、申請者がとくに混乱しやすいポイントです。 原則と例外を整理して確認しましょう。
消費税が補助対象外となる原則と例外
原則として、消費税は補助対象経費に含まれません。 理由は、消費税の仕入税額控除（確定申告時に支払った消費税を差し引ける制度）が適用できるためです。
補助対象経費が500万円（税抜）の場合を考えてみましょう。 消費税50万円を含めた550万円ではなく、500万円に補助率を掛けた金額が補助金額となります。
ただし、免税事業者（消費税の納税義務がない事業者）の場合は例外です。 免税事業者は仕入税額控除を受けられないため、消費税を含めた金額が補助対象経費として認められるケースがあります。
自社が課税事業者か免税事業者かによって扱いが変わるため、申請前に顧問税理士や認定支援機関に相談することをおすすめします。 申請現場では、免税事業者が課税事業者に切り替わるタイミングと補助事業期間が重なり、消費税の扱いが複雑になるケースが増えています。 インボイス制度の影響も含め、早めに税理士と方針をすり合わせておきましょう。
消費税の返還が求められるケース
補助事業の完了後に、消費税の返還を求められるケースがあります。
補助金を受け取った後、確定申告で仕入税額控除を行った場合、控除相当額を計算し返還する手順が必要です。 ものづくり補助金や事業再構築補助金では、補助事業完了後に「消費税及び地方消費税の仕入控除税額報告書」の提出が義務付けられています。
報告書の提出を怠ったり、虚偽の報告を行ったりした場合は、補助金の返還命令の対象となります。 補助金の交付を受けた年度の確定申告が終了したら、速やかに報告書を提出しましょう。
この手続きを見落とすと後から大きな負担になるため、経理担当者や税理士と事前にスケジュールを共有しておくことが大切です。
※5 出典：国税庁｜補助金等の消費税の取扱いについて https://www.nta.go.jp/
補助対象経費の申請で失敗しないためのポイント
補助対象経費の申請で失敗しないためのポイントは、交付決定日以降に着手すること・証拠書類を漏れなく準備すること・事業計画との整合性を保つことの3点です。 実際の申請で経費否認のリスクを減らすための実務的な注意点を確認しましょう。
- 交付決定前の着手に関する注意点
- 見積書・相見積もりの準備
- 経費の否認・減額を防ぐチェックリスト
それぞれ解説していきます。
交付決定前の着手は要注意｜事前着手届の活用
補助金は原則として、交付決定日より前に発注・契約・支払いを行った経費は対象外です。交付決定前に設備を発注してしまうと、補助対象の経費区分に該当していても補助金を受け取れません。
現在、主要な補助金では事前着手は認められていません。新事業進出補助金を含む経産省系の補助金では、事前着手は原則禁止と明記されています。かつて事業再構築補助金において事前着手届の制度が存在しましたが、同補助金は2025年3月に終了しており、現在申請できる補助金では基本的に利用できない点に注意が必要です。
採択の見通しが立っていても、交付決定通知を受け取るまでは一切の発注・契約・支払いを行わないことが、経費否認を防ぐ最も確実な方法です。
見積書・相見積もりの準備と証拠書類のポイント
補助対象経費の実績報告では、証拠書類の不備が経費否認の大きな原因となります。
とくに重要なのが見積書と相見積もり（複数社からの見積書取得）です。 ものづくり補助金では、単価50万円（税抜）以上の経費について、原則2社以上の相見積もりが求められます。
証拠書類として準備すべき主なものは以下の通りです。
| 書類 | 準備のポイント |
|---|---|
| 見積書 | 経費区分・品名・数量・単価を明記 |
| 相見積もり | 同一仕様で2社以上から取得 |
| 発注書・契約書 | 交付決定日以降の日付であること |
| 納品書・検収書 | 補助事業期間内の日付であること |
| 振込明細・領収書 | 銀行振込が原則（現金払いは避ける） |
書類の日付が補助事業期間内であることを必ず確認しましょう。
経費の否認・減額を防ぐ3つのチェックリスト
補助金申請のプロとしての実務経験から、経費が否認・減額されやすいパターンを3つのチェックポイントにまとめました。
1. 経費と事業計画の整合性はあるか
事業計画書に記載のない設備や用途の経費は、実績報告時に否認されるリスクがあります。 計画書と実際の支出内容が一致しているか、申請時に照合しておきましょう。
2. 経費の使用期間は補助事業期間内か
交付決定日から事業完了日までの期間内に、発注・納品・支払いのすべてが完了していることが条件です。 1日でも期間外にずれると対象外になるケースがあるため、スケジュール管理が欠かせません。
3. 関連会社・利害関係者への発注はないか
親会社・子会社・役員の親族が経営する企業への発注は、原則として補助対象外です。 取引先の選定は公正に行い、関連性がないことを証明できるようにしておきましょう。
※6 出典：中小企業庁｜ものづくり補助金 交付規程・実績報告の手引き https://portal.monodukuri-hojo.jp/
補助金の対象経費でお悩みならイチドキリへ
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補助金の対象経費の考え方についてよくある質問
Q1. 補助対象経費とは何ですか？対象外経費との違いは？
A. 補助対象経費とは、補助事業の遂行に必要な経費のうち、公募要領で認められた経費区分に該当するものです。 対象外経費は、汎用品や人件費など補助事業専用と認められない費目を指します。 どちらに該当するかは公募要領の経費区分で判断するのが基本です。
Q2. 補助金の対象経費に消費税は含まれますか？
A. 原則として、消費税は補助対象経費に含まれません。 課税事業者は仕入税額控除を受けられるためです。 ただし、免税事業者の場合は消費税込みの金額が対象になるケースがあります。 自社の課税区分を確認のうえ申請しましょう。
Q3. 「補助事業に要する経費」と「補助対象経費」の違いは？
A. 「補助事業に要する経費」は事業全体で発生するすべての費用を指します。 一方、「補助対象経費」はそのうち公募要領で認められた経費のみが該当します。 補助金額は「補助対象経費×補助率」で計算されるため、両者の違いを正しく把握しておくことが大切です。
Q4. 補助率と補助金額はどのように計算しますか？
A. 補助金額は「補助対象経費（税抜）×補助率」で算出します。 補助対象経費が600万円、補助率が2/3の場合、補助金額は400万円です。 ただし補助上限額が設定されている場合は、計算結果と上限額の低い方が適用されます。
Q5. 補助金の対象経費に人件費は含められますか？
A. 多くの補助金では、既存従業員の給与は補助対象外です。 ただし、事業再構築補助金（2025年3月終了）や一部の補助金では、研究開発に従事する人員の人件費が条件付きで認められるケースがあります。 申請する補助金の公募要領で人件費の取扱いを必ず確認してください（2025年4月時点）。
まとめ：補助金の対象経費は「必要性・専用性」の原則で判断しよう
この記事では、補助金の対象経費の考え方について解説しました。 要点を振り返ります。
- 対象経費の判断基準は「必要性」と「専用性」の2つの原則が基本
- 経費区分は補助金ごとに異なるため、公募要領の確認が欠かせない
- 消費税は原則対象外だが、免税事業者は例外あり
- 交付決定前の着手や証拠書類の不備は経費否認の主な原因
- 複数の補助金を比較し、自社の投資内容に合った補助金を選ぶことが採択への近道
対象経費の判断に迷ったら、認定支援機関など専門家への相談を検討してみてください。
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記事の執筆者
株式会社イチドキリ 代表取締役
徳永 崇志
兵庫県西脇市出身。岡山大学教育学部出身。大手システムインテグレーターでエンジニアとしてのキャリアをスタートし、その後、株式会社リクルートで教育系SaaS「スタディサプリ」の法人営業に携わる。株式会社レアジョブではAIを用いた新規事業の立ち上げに従事し、リリース1年で国内受験者数No.1のテストに導く。株式会社素材図書で副社長兼執行役員を務め、事業再構築補助金を活用した新規事業開発・立ち上げを担当。その後株式会社イチドキリを設立。現在は経済産業省（中小企業庁）認定の経営革新等支援機関として、システム開発に特化した補助金コンサルティング事業を運営。 2016年に「基本情報技術者試験」合格、2024年にGoogle認定資格「Google AI Essentials」、厚生労働省「精神・発達障害者しごとサポーター」取得。
