【2025年最新版】受発注システム導入に使える補助金と活用のポイント

近年、企業間取引における受発注業務のデジタル化が急速に進んでいます。紙の注文書やFAXでのやり取りを続けていると、転記ミスや管理コストの増加、人的リソースの浪費につながります。こうした課題を解消する手段として注目されているのが「受発注システム」の導入です。

しかし、中小企業にとってはシステム導入にかかる初期費用が大きなハードルとなる場合もあります。そこで活用したいのが、国や自治体が提供する「補助金制度」です。この記事では、受発注システム導入に活用できる主な補助金とその特徴、申請の流れや注意点について詳しく解説します。

受発注システム導入に使える補助金はIT導入補助金

受発注システムの導入費用を抑えるには、国の支援制度を活用することが重要です。特に中小企業や小規模事業者を対象とした補助金は、IT化を推進するために複数の制度が整備されています。ここでは代表的な3つの補助金について紹介します。

IT導入補助金

IT導入補助金は中小企業等の生産性向上を目的に、事務局に登録されたITツールの導入費やクラウド利用料、設定支援等を支援します。申請者は登録済みのIT導入支援事業者と連携して申請し、受発注システムは通常枠に加えインボイス枠の対応類型や電子取引類型で対象となります。要件を満たすツール選定と導入計画の妥当性が採択の鍵となります。

IT導入補助金で受発注システムを導入するメリット

IT導入補助金を活用して受発注システムを導入することで、単なるコスト削減だけでなく業務全体の生産性を高める効果が得られます。ここでは主なメリットを3つ紹介します。

導入コストの大幅削減

受発注システムの導入には初期費用や月額利用料がかかりますが、IT導入補助金を利用することで費用負担を大きく軽減できます。補助率が最大3分の2の場合、たとえば導入費が90万円なら実質30万円程度で導入可能です。

コストを抑えながらも最新のクラウドシステムを活用できるため、資金に余裕のない中小企業でも導入を現実的に検討できます。

業務効率と正確性の向上

受発注システムを導入することで、注文書や納品書の作成、在庫確認、入金管理などの業務を自動化できます。人為的ミスを防ぎ、作業時間を大幅に短縮することで担当者の負担を軽減します。また、リアルタイムで取引状況を確認できるため、顧客対応のスピード向上にもつながります。

インボイス制度や電子帳簿保存法への対応

2023年以降の制度改正により、電子取引の保存義務やインボイス対応が企業に求められています。受発注システムを導入すれば、請求書や取引記録の電子保存が容易になり、法令順守と業務効率化を両立できます。これらの制度対応を補助金で支援してもらえる点も大きなメリットです。

補助金申請の流れと手続きのポイント

補助金を確実に受け取るには、正しい手順と必要書類を理解しておくことが大切です。以下では申請から交付までの流れを6ステップで解説します。

①IT導入支援事業者・ITツールの選定

はじめに事務局へ登録されたIT導入支援事業者を選定します。自社の業務要件と補助対象区分に適合する受発注システムが「登録ITツール」であるかを確認します。要件適合、見積の妥当性、導入後の運用支援体制、セキュリティ水準、費用対効果の観点で比較検討します。採択後の変更は制約があるため、要件定義の精緻化が欠かせません。

②gBizIDプライムの取得と事前準備

交付申請や電子申請にはgBizIDプライムが必要です。発行には審査期間があるため早期取得を推奨します。あわせて法人番号や登記事項、直近の決算書、納税証明、見積書、契約予定書類、役員名簿などの基本資料を整えます。申請枠や加点要件に関わる賃上げ計画、セキュリティ体制、インボイス対応状況の説明資料も準備すると審査で有利になります。

③交付申請の手順

交付申請では事業計画書、事業費内訳、ツール構成、導入スケジュール、KPIを具体化します。省力化や生産性の算定根拠、インボイス・電帳法対応の改善点、投資効率などを定量で示します。

見積の相見積取得や業者選定理由の記載整合、対象経費の区分明確化、補助対象外費目の除外が必須です。申請後の照会に備え、根拠資料の出典と算式を台帳化しておきます。

④ITツールの導入・契約・支払い

採択・交付決定後に契約と実施を進めます。補助対象期間内の契約締結と納品、検収、支払いが原則です。

発注書・請書・契約書・納品書・検収書・請求書・振込記録のひも付けを統一し、分割納品やサブスク料金は期間按分の根拠を明示します。クラウド利用料は対象月分の請求と支払い実績が必要です。仕様変更は事前承認が要る場合があるため、事務局手続を併行します。

⑤事業実績報告・補助金交付までの流れ

導入完了後は実績報告を提出します。対象経費の証憑一式、契約関係、稼働確認、スクリーンショット等で導入実態を示します。

KPIの初期値と導入後の効果見込みを整合させ、写真・画面・操作ログなど客観資料で補強します。不備があると差戻しや交付遅延の要因となります。審査完了後に補助金が交付されるため、資金繰りは交付時期を見込んで計画化します。

⑥事業実施効果報告

交付後の一定期間に効果報告を行います。受注処理時間の短縮率、転記ミスの削減件数、電子取引保存率、在庫回転の改善、売上高付加価値の伸長などを定量で提示します。

算出方法は申請時KPIと一致させ、データ抽出条件と期間を明記します。継続利用の体制、運用マニュアル、教育実施履歴、ライセンス更新状況も添付すると評価が安定します。次回申請の加点材料にもなります。

受発注システム導入で補助金対象となる主な経費

補助金の対象となる経費は、システム導入に直接関係する費用が中心です。以下の3項目は多くの補助金で共通して対象とされています。

システム導入費

受発注システム本体の導入費、初期設定、マスタ整備、ワークフロー設計、権限設計、テスト、データ移行、操作研修などが中心です。要件定義書や作業内訳書で作業範囲を明文化し、対象外のコンサル費や保守契約のうち非対象部分は分離計上します。

改修やAPI連携は成果物定義と検収条件を明記し、後日の監査でも妥当性を示せるよう証跡管理を徹底します。

サーバー利用料・ライセンス費用

クラウド型の場合はサブスクリプション料金が対象となる類型があります。補助対象期間内の月額利用料、ユーザーライセンス、追加ストレージ、保守サポートなどを期間按分で整理します。

年額契約は対象期間分を証明できる請求・支払記録が必要です。課金明細、ユーザー数、プラン種別を証憑と一致させ、対象枠の要件（インボイス対応や電子取引類型等）に合致させます。

関連するハードウェア・周辺機器費

制度によりPCやタブレット、スキャナー等が対象となる場合があります。対象枠の範囲、上限、台数制限、機能要件を確認します。受発注業務に直接資することを説明できる選定理由を用意し、機器の型番、数量、設置場所、資産管理台帳を整備します。既存設備の単なる更新は対象外となり得るため、効果や必然性を明確化し、他費目との重複計上を避けます。

補助金対象となる代表的な受発注システムの例

制度の趣旨に整合するシステムを選ぶと審査が進めやすくなります。クラウド型のBtoB受発注や在庫・受注一元管理は省力化と法対応の両立に寄与します。登録ITツールか、セキュリティや運用体制が基準を満たすかを事前に確認します。

クラウド型BtoB受発注プラットフォーム

得意先・仕入先とオンラインで受発注を完結し、見積・注文・出荷・請求までを一元化します。転記削減、リードタイム短縮、誤出荷防止、ステータスの可視化に効果があります。

インボイス対応や電子取引のデータ保存、アクセス権限管理、監査ログなどの要件も満たしやすく、商流単位導入を前提とする枠とも親和性が高いです。取引先展開の計画性が採択の評価点になります。

在庫・受注管理が一元化できるシステム

受注から在庫引当、出荷、請求、回収までを連携し、欠品や二重計上を防ぎます。EDIや会計、配送管理とのAPI連携で手作業を圧縮し、実地棚卸との差異分析を容易にします。

ダッシュボードでKPIを常時監視でき、効果測定が明確です。マルチロケーションやロット・シリアル管理、権限分掌、バックアップ方針などの要件を事前に整備すると、審査と導入後の監査に強くなります。

補助金を活用する際の注意点

採択率と交付の確実性を高めるには、期日順守、要件適合、証憑整備の3点が要になります。とくに受付締切時間とシステム混雑の影響、対象経費の線引き、報告の整合性は失敗しやすい領域です。

申請期間・締切を逃さない

公募回制や受付締切時間が明確に設定されています。締切直前は申請サイトのアクセス集中で遅延が生じやすいため、余裕をもって提出します。社内承認、押印、証憑収集、SMS認証など所要時間の見込み違いが遅延の主因です。作業逆算のガントとチェックリストを作成し、提出直前の差分確認と代表者の在席確認まで含めて運用します。

要件を満たさないシステムは対象外

登録ITツールでない製品、対象外機能のみの導入、既存機能の単純更新、他制度との重複計上は不支給の典型例です。対象枠ごとの要件、補助率・上限、対象期間、賃上げ要件、商流単位導入の前提などを事前に突合します。提案書・見積・構成表・SLAが一貫しているかを精査し、対象外費目は別会計で管理します。要件不一致が見つかれば計画を速やかに補正します。

申請書類の不備・報告漏れによる不交付リスク

社名表記揺れ、印影不備、金額差異、証憑不足、期間外支払い、検収不備、スクリーンショットの不足などが差戻しの原因です。

台帳で証憑番号と伝票を紐付け、監査対応用にフォルダ構成を統一します。変更が発生した場合は事前の手続きを実施し、導入後は効果指標の取得方法を統一します。内部監査の予行演習を行い、報告漏れをゼロにする体制を整えます。

自社独自の受発注システムを開発する際に使える補助金

自社の業務フローや取引形態に合わせた独自の受発注システムを開発する場合も、補助金の活用が可能です。標準的なパッケージソフトでは対応しにくい機能や連携を実現するための開発費を支援する制度があり、主に中小企業省力化投資補助金や経営基盤強化事業（一般コース）が活用できます。

中小企業省力化投資補助金(一般型)

一般型は、人手不足の解消や生産性向上を目的に、各事業者の現場に合わせたオーダーメイド性の高い設備導入やシステム構築を支援する補助金です。ハードとソフトを一体的に計画・導入できる点が特徴です。

補助上限は従業員規模に応じ最大1億円、補助率は中小企業で1/2(一定範囲は2/3)、小規模等で2/3が基本です。省力化指数や付加価値増加率等の審査基準が重視され、クラウドサービス利用費や外注費も対象範囲に含まれます。公募回制のため締切管理が重要です。

事業環境変化に対応した経営基盤強化事業(一般コース)

一般コースは、ポストコロナや物価高騰などの経営環境の変化に対応し、中小企業の経営基盤強化を支援する補助金です。既存事業の「深化」や「発展」を目的に、設備導入・システム構築・新サービス開発など多様な取組を支援します。

助成限度額は800万円、助成率は原則2/3以内で、賃上げ計画の実施により3/4以内、小規模事業者は4/5以内まで引上げ可能です。システム等導入費や専門家指導費が対象となり、Jグランツによる電子申請とgBizIDプライムの事前取得が必要となります。

まとめ

受発注システムの導入は、業務効率化・法対応・コスト削減のすべてに貢献する重要な取り組みです。補助金制度を上手に活用すれば、導入費用を抑えながらデジタル化を推進できます。特にIT導入補助金は申請件数も多く、初めての企業でも取り組みやすい制度です。公募情報を常にチェックし、専門家や支援事業者と連携してスムーズな申請を進めましょう。

株式会社イチドキリは認定支援機関として、着手金0円・成功報酬で制度選定から書類作成・実績報告まで伴走します。ぜひ、お気軽にご相談ください。

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記事の執筆者

株式会社イチドキリ 代表取締役
徳永 崇志

兵庫県の実家で、競走馬関連事業を展開する中小企業を営む家庭環境で育つ。
岡山大学を卒業後、大手SIerでエンジニアを経験し、その後株式会社リクルート法人営業に携わる。株式会社レアジョブではAIを用いた新規事業の立ち上げに従事し、リリース1年で国内受験者数No.1のテストに導く。株式会社素材図書で役員を務めた後、株式会社イチドキリを設立。中小企業向けに、補助金獲得サポートや新規事業開発や経営企画のサポートをしている。Google認定資格「Google AI Essentials」を2024年に取得済。