中小企業が抱える大きな課題の一つが「基幹システム」の導入コストではないでしょうか。
「業務効率化のためにシステムを刷新したいが、数百万単位の投資は厳しい」
そう悩む経営者は少なくありません。しかし、国や自治体の補助金制度をうまく活用することで、コスト負担を半分以下、場合によっては3分の1程度に抑えられる可能性があります。
本記事では、2026年最新の基幹システム導入に使える補助金情報と、採択されるための実践的なコツを解説します。これを読めば、どの制度が自社に最適かが見えてくるはずです。
- 中小企業の基幹システム導入を後押しする補助金活用法｜制度の特徴と申請のコツ
- 基幹システムに使える補助金の種類
- 補助金と助成金の違いを理解する
- 基幹システム補助金の申請で押さえるべきポイント
- 補助金申請の具体的な手順と流れ
- 自社に合った基幹システム補助金の選び方
- 基幹システム補助金についてよくある質問
- まとめ
- 着手金０円・顧問料0円
- 完全成功報酬
- エンジニア出身 × 補助金のプロ
中小企業の基幹システム導入を後押しする補助金活用法｜制度の特徴と申請のコツ
基幹システムの導入は企業の成長に不可欠な投資ですが、費用の高さが大きな壁となります。補助金を戦略的に活用すれば、金銭的な負担を軽減できるだけでなく、経営体質そのものを強化できます。導入コストの削減、最新技術の採用、そしてデジタル化への第一歩として、補助金は中小企業にとって見逃せない支援策です。
基幹システム導入に補助金を活用するメリット
基幹システム導入で補助金を活用すると、以下のようなメリットがあります。
- 導入コストの負担を軽減できる
- 最新ITツールの導入で生産性を高める
- デジタル化・DXの第一歩として有効
- 経営改善と競争力強化につながる
それぞれ解説していきます。
1.導入コストの負担を軽減できる
補助金活用の最大のメリットは、初期投資の大幅な削減です。基幹システムには、ソフトウェア購入費、カスタマイズ費、ハードウェア整備など多額の費用がかかります。
補助金を使えば、これら費用の1/2から最大3/4を国が支援してくれます。数百万円から数千万円規模の投資において、自己資金の持ち出しを最小限に抑えられる点は、中小企業の資金繰りに計り知れないインパクトをもたらします。
2.最新ITツールの導入で生産性を高める
予算の制約があると、どうしても安価で機能が限定されたシステムを選びがちです。しかし補助金で予算枠が広がれば、より高機能で自社の課題にフィットした最新ITツールを選択できます。
AIによる需要予測や自動化機能が充実したシステムを導入すれば、手作業のミスが減り、業務スピードが劇的に向上します。少ない人数でも効率よく業務を回せる体制を作れるため、深刻な人手不足の解消にも直結するでしょう。
3.デジタル化・DXの第一歩として有効
法改正や市場の変化に対応するため、デジタル化は避けて通れません。補助金の多くは、インボイス制度への対応や電子帳簿保存法といった直近の課題解決を支援する目的を含んでいます。
基幹システム導入をきっかけに社内データをデジタル化し一元管理することは、DX（デジタルトランスフォーメーション）の第一歩です。補助金という「後押し」を利用して、アナログな業務フローから脱却し、デジタル経営へと舵を切れます。
4.経営改善と競争力強化につながる
システム導入による業務の「見える化」は、経営判断のスピードを早めます。リアルタイムで売上や在庫状況を把握できれば、無駄なコストを削減し、利益率の高い事業にリソースを集中させられます。
また、浮いた人件費や時間を新商品開発や顧客サービス向上に充てることで、競合他社との差別化も図れます。単なるコスト削減にとどまらず、企業の稼ぐ力を底上げし、競争力を強化できるのがシステム投資の本質的な価値です。
基幹システムとは？導入の必要性と費用相場
基幹システムは企業活動を支える重要な仕組みですが、その範囲や費用感はさまざまです。基本的な定義と導入にかかる一般的な費用について解説します。
基幹システムの定義と役割
基幹システムとは、企業経営の根幹となる業務を管理するシステムのことです。「企業の神経系」とも言える存在で、これが止まると企業活動そのものが停止してしまうほど重要な役割を担っています。
具体的には、販売管理、在庫管理、会計・財務、人事給与などが該当します。これらを統合的に管理するERP（統合基幹業務システム）を導入すれば、部署間のデータ連携がスムーズになり、二重入力の手間や情報のズレを解消できます。
基幹システム導入の費用相場
導入費用はシステムの形態によって大きく異なります。クラウド型（SaaS）なら初期費用は数万円〜数十万円程度で済みますが、月額利用料が発生します。一方、自社専用に開発するスクラッチ開発の場合は、数百万円から数千万円規模になることも珍しくありません。
中小企業向けのパッケージ型であれば、カスタマイズ費込みで200万円〜1,000万円程度が一般的です。この金額規模だからこそ、補助金の活用が投資判断の鍵を握ります。
基幹システムに使える補助金の種類
2025年において、基幹システム導入に利用できる主要な補助金はいくつか存在します。自社の事業規模や導入目的に合わせて最適なものを選ぶことが重要です。
事業環境変化に対応した経営基盤強化事業(一般コース)
東京都の中小企業などが対象となる助成金で、インボイス制度や電子帳簿保存法への対応など、経営環境の変化に対応するためのシステム導入を支援します。
助成率は最大2/3程度で、システム導入費だけでなくPCやタブレットなどのハードウェア購入費も対象になりやすい点が特徴です。比較的使い勝手の良い制度ですが、都内事業者限定など地域要件があるため、自社の所在地が対象かどうかの確認が必要です。
IT導入補助金
中小企業のシステム導入支援として最もポピュラーな制度です。ITツールの導入に特化しており、申請の手間が少なく採択率も高めであるため、初めて補助金を利用する企業におすすめです。
特徴と対象ツール
「通常枠」では業務効率化に資するソフトウェア全般が対象ですが、特に注目すべきは「インボイス枠」です。会計・受発注・決済ソフトの導入に加え、PCやレジなどのハードウェアも補助対象となります。
また、「セキュリティ対策推進枠」では、サイバー攻撃対策サービスの利用料も支援されます。基幹システムと合わせてセキュリティも強化したい場合に最適です。
申請スケジュールと締切
IT導入補助金は通年で公募されていますが、数ヶ月ごとに締切が設けられています。2025年も頻繁に締切が設定される見込みですが、予算が消化されると早期に終了する可能性もあります。
申請から採択、交付決定までスムーズに進めるため、早めの準備が肝心です。常に公式サイトで最新のスケジュールを確認しておきましょう。
採択事例（クラウドERPの導入など）
ある卸売業では、受発注と会計が別々のシステムで動いており、転記作業に追われていました。そこでIT導入補助金を活用し、両機能を統合したクラウドERPを導入しました。
結果、手入力作業がゼロになり、インボイス対応も完了。リアルタイムな在庫把握が可能になり、欠品による機会損失も防げるようになりました。導入費用の約半分を補助金で賄えた好事例です。
ものづくり補助金（大規模・オーダーメイド向け）
革新的なサービス開発や試作品開発、生産工程の革新などを行うための設備投資を支援する制度です。基幹システムの場合、単なる業務効率化ではなく、新製品・新サービスの開発や革新的な生産方式の導入など、革新性を伴う大規模な投資に向いています。
特徴と対象経費
補助上限額が750万円〜数千万円と非常に大きいのが特徴です。システム構築費（オーダーメイド開発含む）が主な対象となりますが、クラウドサービス利用費なども認められます。
「他社にはない画期的な取り組み」や「大幅な生産性向上」が求められるため、ハードルは高めです。しかし、独自仕様のシステムを開発したい場合には有力な選択肢となります。
申請スケジュールと締切
ものづくり補助金は、公募期間が比較的短く設定される傾向にあります。年に数回公募がありますが、準備に時間がかかるため、公募開始前から事業計画を練っておく必要があります。
特に大幅な賃上げ計画を盛り込むことで補助上限が引き上げられる特例もあるため、長期的な経営計画とセットで検討すべきです。
採択事例（IoT活用による革新的な製造プロセスの構築など）
ある製造業では、IoTセンサーとAI解析を組み合わせた革新的な製造システムを独自開発しました。従来にはない予知保全機能や、リアルタイムでの品質判定機能を実装し、不良品率を大幅に削減する仕組みです。
このシステムにより、新たな高付加価値製品の製造が可能になり、新規顧客の開拓に成功。開発費は高額でしたが、ものづくり補助金で費用の多くをカバーし、企業の競争力を大きく高めることに成功しました。
中小企業新事業進出促進補助金（新規事業向け)
かつての「事業再構築補助金」の後継的な位置づけとなる制度で、本業とは異なる新しい分野への進出を支援します。新規事業のために新たな基幹システムが必要な場合に活用できます。
特徴と申請要件
【新市場進出要件】を満たすことが必須条件です。具体的には、以下の2点を満たす必要があります。
- 過去に製造・提供したことのない製品・サービスであること
- 新事業のターゲット顧客が、既存の顧客層と異なること
単に今の業務を効率化するだけでは対象外となります。
建物費や改修費も対象になるなど、経費の幅が広いのが特徴です。新規事業としてECサイトを立ち上げ、その裏側で動く受注・物流システムを構築する場合などが該当します。
申請スケジュールと締切
事業再構築補助金と同様に、四半期ごとに公募が行われるサイクルが予想されます。ただし、審査は厳格で、採択までには数ヶ月を要することも一般的です。
事業計画書には、新規事業の市場分析や収益計画を緻密に記載する必要があります。思いつきのアイデアではなく、実現可能性の高いビジネスモデルであることが求められます。
採択事例（異業種参入に伴う受発注システムの構築など）
飲食業を営む企業が、コロナ禍を機に冷凍食品の製造・通販事業へ参入した事例です。新たにECサイトと連動する受注・在庫管理システムを構築しました。
このシステム投資により、店舗営業に依存しない新たな収益の柱を確立。補助金を活用することで、リスクを抑えながら大胆な事業転換を実現しました。
その他の支援制度（自治体・小規模事業者向け）
国の大型補助金以外にも、使いやすい制度があります。規模は小さくても、手続きが比較的シンプルなものが多いのが魅力です。
小規模事業者持続化補助金（小規模な改修向け）
従業員数が少ない（商業・サービス業で5名以下、その他20名以下など）事業者が対象です。販路開拓を目的としたチラシ作成やウェブサイト制作が主ですが、業務効率化のためのシステム導入も一部対象になります。
補助上限は通常50万円（条件により最大200万円）と少額ですが、システムの一部改修や簡易的なツール導入には十分役立ちます。
各自治体の独自補助金・助成金
都道府県や市区町村が独自に行っている補助金も見逃せません。「DX推進助成金」や「省エネ設備導入補助金」といった名称で募集されていることが多いです。
国の補助金と比べて競争率が低い場合もあり、穴場と言えます。自社の所在する自治体の商工会議所や産業振興課のホームページをこまめにチェックすることをおすすめします。
出典：中小企業庁｜ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金
出典：IT導入補助金2025
補助金と助成金の違いを理解する
「補助金」と「助成金」は混同されがちですが、性質が大きく異なります。基幹システム導入においてどちらを狙うべきか、正しく理解しておきましょう。
補助金の特徴
補助金は主に経済産業省や自治体が管轄しており、事業の活性化や公益などの政策目的を達成するために支給されます。最大の特徴は「採択制」であることです。
予算に限りがあるため、申請すれば必ずもらえるわけではなく、優れた事業計画を提出し、審査に通る必要があります。倍率は制度によりますが、数倍になることも珍しくありません。また、原則として後払い制です。
助成金の特徴
助成金は主に厚生労働省が管轄しており、雇用環境の改善や人材育成を目的としています。要件を満たせば原則として誰でも受給できるのが特徴です。
例えば「業務改善助成金」のように、設備投資を行い、かつ最低賃金を引き上げた場合に支給されるものがあります。審査のハードルは低いですが、システム導入に特化した高額な助成金は少ない傾向にあります。
基幹システム導入でどちらを選ぶべきか
結論として、本格的な基幹システムの導入を目指すなら「補助金」を選ぶべきです。助成金はあくまで労働環境改善の「おまけ」として設備投資を支援する側面が強く、金額規模もシステム導入費全額をカバーするには心許ないことが多いからです。
数百万〜数千万円の投資が必要な基幹システムには、「IT導入補助金」や「ものづくり補助金」といった大型の補助金を第一候補として検討しましょう。
基幹システム補助金の申請で押さえるべきポイント
補助金は申請すれば通るものではありません。採択を勝ち取るためには、審査員が評価するポイントを押さえた準備が必要です。特に重要な5つのポイントを解説します。
申請の対象となる事業者と条件
まずは自社が「中小企業・小規模事業者」の定義に当てはまるかを確認しましょう。業種ごとに資本金や従業員数の上限が定められています。例えば、製造業なら資本金3億円以下または従業員300人以下などが基準です。
また、直近の決算が赤字であっても申請可能な補助金は多いですが、税金の未納があると申請できないケースがほとんどです。基礎的な受給資格をクリアしているか、公募要領の最初にある対象者要件を必ずチェックしてください。
補助対象となる経費の範囲
「システム導入費」といっても、すべての関連費用が出るわけではありません。一般的に、ソフトウェアの購入費やクラウド利用料（1〜2年分）、導入設定費は対象になりますが、パソコンやタブレット本体は対象外、もしくは補助率が低くなるケースが多いです。
IT導入補助金の「インボイス枠」のように、ハードウェアが明示的に対象となっている場合を除き、PCの買い替え費用などは自己資金で賄う必要があると考えたほうが無難です。
採択されやすい事業計画を準備する
審査員は「この投資によって、会社がどう成長するのか」を見ています。単に「便利にしたい」という抽象的な理由ではなく、「システム導入により作業時間を〇〇時間削減し、売上を〇〇％向上させる」といった具体的な数値目標が必要です。
自社の現状課題を明確にし、システムがそれをどう解決するのか、その結果どのような利益が生まれるのかというストーリーを一貫させることが採択への近道です。
賃上げ計画を盛り込み採択率を高める
近年の経済産業省系の補助金では、従業員への賃上げが非常に重視されています。注意すべきは、賃上げ計画は「あれば有利」というレベルではなく、多くの制度で「申請の必須要件」になっている点です。
「事業場内最低賃金を地域別最低賃金より＋30円以上にする」「給与支給総額を年率1.5%以上増加させる」といった具体的なコミットメントが求められます。未達成の場合、補助金の返還を求められることもあるため、実現可能な計画を立てることが重要です。
支援事業者や専門家との連携を重視する
補助金の申請手続きは複雑で、専門的な知識が必要です。特にIT導入補助金では、「IT導入支援事業者」として登録されたベンダーとの共同申請が必須となります。
実績豊富な支援事業者やコンサルタントと組むことで、採択されやすい計画書の書き方や加点要素の取りこぼしを防げます。自社だけで悩まず、プロの力を借りることが成功率を高める鍵です。
スケジュールと申請の流れを把握する
補助金は「いつでも」申請できるわけではありません。公募期間は限られており、締切を1分でも過ぎれば受け付けてもらえません。
また、採択されてから交付決定が下りるまでは発注（契約）してはいけないという「事前着手の禁止」ルールがある制度がほとんどです。スケジュールを誤ると、せっかくの補助金がもらえなくなるため、全体の流れを正確に把握しておく必要があります。
申請時の注意点とよくある失敗
よくある失敗の一つが、添付書類の不備です。履歴事項全部証明書（登記簿謄本）や納税証明書など、取得に時間がかかる書類も多いため、直前で慌てないようにしましょう。
また、「gBizIDプライム」アカウントの取得も必須です。発行までに数週間かかることもあるため、補助金申請を決めたら真っ先に手続きを行うべきです。これがないと電子申請のシステムにログインすらできません。
補助金申請の具体的な手順と流れ
申請から入金までは長い道のりです。全体像を4つのステップに分けて解説します。これを知っておけば、今何をすべきかが明確になります。
ステップ1: 自社に合った補助金を選択する
まずは、導入したいシステムと自社の状況に合った補助金をリストアップします。「IT導入補助金」が良いのか、「ものづくり補助金」に挑戦すべきか、専門家のアドバイスも参考にしながら決定します。
この段階で、公募要領を熟読し、要件を満たしているか、スケジュールは間に合うかを入念に確認してください。
ステップ2: 見積もりと事業計画の準備
導入するシステムのベンダーを選定し、詳細な見積もりを取得します。並行して、事業計画書の作成に着手します。
ここで重要なのは、ベンダーと密に連携することです。システムの機能が補助対象になるかどうかの確認や、導入効果のシミュレーションなど、ベンダーからの情報提供が計画書の質を左右します。
ステップ3: 必要書類の準備と申請
事業計画書、決算書、履歴事項全部証明書などの必要書類を揃えます。すべての書類が整ったら、電子申請システム（jGrantsなど）を通じて申請を行います。
入力ミスがないか、何度も見直しましょう。特に金額の桁間違いなどは致命的です。IT導入補助金の場合は、ベンダー側が入力する部分と申請者（自社）が入力する部分があるため、連携して進めます。
ステップ4: 採択後の交付申請と事業実施
「採択」の通知が来ても、まだ安心はできません。正式な「交付申請」を行い、「交付決定通知」を受け取って初めて、システムの発注・契約が可能になります。
システム導入後は、支払いの証拠書類（振込明細など）を整理し、実績報告を行います。事務局の確定検査を経て、ようやく補助金が入金されます。入金は導入完了から数ヶ月後になるため、つなぎ資金の確保も忘れずに。
自社に合った基幹システム補助金の選び方
選択肢が多すぎて迷ってしまう方のために、選び方の指針をまとめました。以下の視点で整理すると、自社に最適な制度が見えてきます。
事業規模や業種に応じて選ぶ
従業員数が20名以下の小規模な事業者であれば、「小規模事業者持続化補助金」が手軽で使いやすいでしょう。一方、一定規模以上の中小企業で、数百万円以上の投資を考えるなら「IT導入補助金」や「ものづくり補助金」が適しています。
業種によって資本金要件などが異なるため、まずは自社がどの区分の補助対象になるかをクリアにしてから絞り込んでいきましょう。
投資目的に応じて比較する
「既存業務を効率化したい」「インボイスに対応したい」という明確な目的があるなら、IT導入補助金がベストです。
一方で、「システムを使って全く新しいビジネスモデルを作りたい」「製造ラインと連携した高度な仕組みを独自開発したい」といった革新的な目的があるなら、ものづくり補助金や新事業進出促進補助金の方が、補助金額も大きく目的に合致しています。
採択率の高い制度を検討する
確実に支援を受けたい場合、採択率も重要な指標です。一般的に、IT導入補助金の採択率は高く（枠によりますが70〜80%前後の回も）、ものづくり補助金などは50%前後と競争が激しい傾向にあります。
事業計画の作成難易度もIT導入補助金の方が比較的低いため、「まずは確実に導入したい」という場合はIT導入補助金から検討するのが定石です。
専門家に相談して最適化する
制度は毎年変わり、要件も複雑です。「自社で判断がつかない」「申請書類を書く時間がない」という場合は、補助金コンサルタントなどの専門家に相談するのが一番の近道です。
株式会社イチドキリでは、エンジニア出身の補助金のプロが、システム選定から申請サポートまで一貫して支援しています。最適な補助金選びで失敗したくない方は、ぜひ一度ご相談ください。
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基幹システム補助金についてよくある質問
基幹システムの導入に複数の補助金を併用できますか？
原則として、同一のシステム（同一の経費）に対して複数の国の補助金を重複して受け取ることはできません。
ただし、システム導入は「IT導入補助金」、別の機械設備は「ものづくり補助金」といったように、補助対象となる経費や事業内容が明確に分かれていれば、同じ時期に別々の補助金を利用することは可能です。
補助金の申請から交付までどのくらいの期間がかかりますか？
制度によりますが、申請から採択発表まで1〜2ヶ月、そこから交付決定までさらに1ヶ月程度かかるのが一般的です。
その後、事業実施（システム導入）を経て、実績報告から入金までさらに数ヶ月かかります。全体として、申請から実際の入金までは半年〜1年程度のタイムラグがあると考えて資金計画を立てましょう。
既存システムの入れ替えやリプレイスも補助対象になりますか？
はい、対象になります。ただし、単に古くなったものを同じ機能の新しいものに変えるだけでは評価されにくい場合があります。
「クラウド化してテレワークに対応する」「連携機能で生産性を向上させる」など、リプレイスによって業務効率や生産性がどう改善されるかを明確に示すことが重要です。
クラウド型の基幹システムも補助金の対象ですか？
はい、大いに対象になります。特にIT導入補助金では、クラウド利用料（最大2年分）が補助対象として手厚く支援されています。
国もクラウド化によるDXを推進しているため、オンプレミス（サーバー設置型）よりもクラウド型の方が、補助金活用においては有利な条件が揃っていると言えます。
補助金の採択率を上げるにはどうすればよいですか？
具体的で説得力のある事業計画書を作成することが全てです。数値に基づいた効果予測、加点項目（賃上げ表明や公的認証の取得など）のクリア、そして専門家によるチェックを受けることが有効です。
特に加点項目は、一つでも多く満たすことで採択率がグッと上がります。公募要領の「審査項目・加点項目」を熟読し、対策を練りましょう。
まとめ
基幹システムの導入は、中小企業が生き残りをかけて行う重要な投資です。2026年も、IT導入補助金をはじめとする強力な支援制度が用意されています。
重要なのは、「自社に合った補助金を選び」「早めに準備し」「説得力のある計画を立てる」こと。この3つを押さえれば、コストを大幅に抑えながら、会社の未来を変えるシステムを手に入れることができます。
株式会社イチドキリは、東京都渋谷区に拠点を置く経営革新等支援機関として、中小企業の皆さま向けに補助金獲得支援サービスを展開しています。申請の対象確認から書類作成、採択後のサポートまで、専門家が一貫して対応可能です。
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記事の執筆者
株式会社イチドキリ 代表取締役
徳永 崇志
兵庫県西脇市出身。岡山大学教育学部出身。大手システムインテグレーターでエンジニアとしてのキャリアをスタートし、その後、株式会社リクルートで教育系SaaS「スタディサプリ」の法人営業に携わる。株式会社レアジョブではAIを用いた新規事業の立ち上げに従事し、リリース1年で国内受験者数No.1のテストに導く。株式会社素材図書で副社長兼執行役員を務め、事業再構築補助金を活用した新規事業開発・立ち上げを担当。その後株式会社イチドキリを設立。現在は経済産業省（中小企業庁）認定の経営革新等支援機関として、システム開発に特化した補助金コンサルティング事業を運営。 2016年に「基本情報技術者試験」合格、2024年にGoogle認定資格「Google AI Essentials」、厚生労働省「精神・発達障害者しごとサポーター」取得。
